1676 m. vienuoliai jėzuitai Merkinėje įkūrė kolegiją – nepilną vidurinę mokyklą (vėliau ji tapo apskrities mokykla). Mokykla caro valdžios buvo ne kartą uždaryta.
1921 m. pradėjo veikti Merkinės progimnazija. Pirmasis jos direktorius – kun. Juozas Bakšys.
1929 m. progimnazija buvo uždaryta.
1940 m. Merkinėje darbą pradėjo vidurinė mokykla (tuo metu vadinta gimnazija). Pirmuoju gimnazijos direktoriumi buvo Aleksandras Osmolskis.
1968 m. mokyklai suteiktas JAV gyvenusio lietuvių rašytojo Rojaus Mizaros vardas.
1972 m. mokykla įsikėlė į naują pastatą.
1989 m. ji pavadinta literatūros klasiko Vinco Krėvės – Mickevičiaus vardu. Mokykla yra išleidusi 78 laidą.
2005 m. mokykla, akreditavusi vidurinio ugdymo programą, tapo gimnazija.
1996 m. įkurtas Prancūzų kultūros centras.
Plačiau apie V. Krėvės vardo suteikimo mokyklai, rašytojo paminklo statymo Merkinėje, V. Krėvės palaikų perlaidojimo Subartonyse istoriją galite rasti čia:
Ištrauka iš Dzūkijos nacionalinio parko leidinio „Subartonys”
